本公司依據金融監督管理委員會訂頒「金融控股公司及銀行業內部控制及稽核制度實施辦法」之規定，設立隸屬董事會之稽核處，置總稽核1人，處長1人，副處長1人，另稽核人員10人，合計13人，分設「一組（行政管理）」、「二組（業務查核）」，辦理本公司及子公司內部稽核業務。

本公司訂定「人事管理規則」、「員工考核要點」等相關規範，明定內部稽核人員之任免、考評、薪資報酬經提報至董事會或由稽核主管簽報董事長核定。

總稽核得視業務需要，調動各子公司之內部稽核人員辦理金融控股公司及其子公司之內部稽核工作。

• ​訂定一般業務查核、專案業務查核項目工作底稿。​
• ​彙整陳報主管機關辦理稽核工作考核應送資料。​
• ​處理主管機關稽核法令規章及一般公文。​
• ​編(修)訂本公司稽核業務相關稽核準則、辦法、要點、分層負責明細表及稽核工作手冊等。​
• ​規劃培訓內部稽核相關業務人員。​
• ​編撰稽核業務報告。​
• ​金融檢查機關業務檢查之處理。​
• ​公文、檢查報告及相關資料之歸檔及保管。​
• ​本公司內部稽核作業網際網路申報主管機關事宜。​
• 本公司各單位及子公司重大偶發事件之處理。​
• 督導業務管理單位訂定自行查核內容與程序，及各單位自行查核之執行情形。​
• 覆核各單位（含子公司）之內部控制制度自行查核報告。​
• 本公司內部控制制度聲明書之簽報。​
• 重要印章之保管及使用。​
• 各項設備之管理。​
• 受理違反誠信經營檢舉案件。​
• 其他臨時交辦工作。​

• 業務查核：
  • 年度稽核計畫之訂定、執行及檢查人員之調度。
  • 辦理本公司一般業務查核、本公司及子公司之專案業務查核(含其他專案查核)。
  • 辦理對子公司內部稽核作業之成效考核。
  • 辦理主管機關、內部稽核及自行查核缺失等追蹤覆查事宜。
  • 檢查報告之處理。
• 各類業務查核電腦稽核報表列印之申請。
• 其他臨時交辦工作。

• 為加強內部稽核功能，健全內部控制制度，已訂定「合作金庫金融控股股份有限公司稽核準則」，並依據金融監督管理委員會訂頒「金融控股公司及銀行業內部控制及稽核制度實施辦法」之規定，對本公司應每年至少辦理一次之一般業務查核；每半年至少對本公司之財務、風險管理及法令遵循辦理一次專案業務查核。子公司除銀行業國外子行及其他經主管機關核准者外，應每半年對子公司之財務、風險管理及法令遵循辦理一次專案業務查核，總稽核應定期對子公司內部稽核作業之成效加以考核，經報告董事會考核結果後，將其結果送子公司董事會作為人事考評之依據；另本公司間接持股子公司，依本公司「子公司管理辦法」規定由其母公司依上述金管會之規定辦理業務查核及內部稽核作業成效考核。
• 查核報告陳首長核定後，將「查核報告」函請受檢單位辦理改善及本公司業管單位督導子公司切實辦理改善，另依規交付審計委員會查閱及獨立董事，並於查核結束日起二個月內向主管機關申報查核結論摘要。
• 督導本公司業務管理單位訂定自行查核內容與程序，及各單位自行查核之執行情形。

對主管機關及上級指示事項辦理之專案查核，依查核結果辦理後續事宜。